Микроорганизмы рода Шигелла (Shigella spp.); Сальмонелла (Salmonella spp.); энтероинвазивные E. coli (EIEC); термофильные кампилобактерии (Campilobacter spp.); аденовирусы группы F (Adenovirus F); ротавирусы группы А (Rotavirus A); норовирусы 2 генотип (Norovirus 2); астровирусы (Astrovirus); обнаружение и типирование ДНК (РНК)

Мультиплексное исследование, позволяющее обнаружить и типировать ДНК микроорганизмов рода Шигелла (Shigella spp.); Сальмонелл (Salmonella spp.); энтероинвазивнных E. coli (EIEC); термофильных кампилобактерий (Campilobacter spp.); и РНК аденовирусов группы F (Adenovirus F); ротавирусов группы A (Rotavirus A); норовирусов 2 генотипа (Norovirus 2); астровирусов (Astrovirus), в кале пациента методом ПЦР Real time. Обнаружение ДНК (РНК) какого-либо из возбудителей свидетельствует о инфицировании данным возбудителем. Формат исследования — качественный.

Острые инфекции желудочно-кишечного тракта (ЖКТ) являются разнообразными по патогенезу, этиологии и клиническим проявлениям группой заболеваний. Абсолютная эффективность этиологической диагностики данной группы заболеваний является недостижимой. Причинами этого являются как сложности дифференциальной диагностики с синдромально сходной неинфекционной патологией, так и невозможность этиологической идентификации пищевых интоксикаций, связанных с широким спектром микроорганизмов, способных продуцировать токсические метаболиты в продуктах питания.

При инфекционной природе заболеваний важным признаком, позволяющим с высокой достоверностью дифференцировать кишечные инфекции от пищевых интоксикаций бактериальной природы, является длительность инкубационного (в случаях интоксикаций – латентного) периода. Его подтверденная продолжительность менее 6 часов позволяет исключить классические кишечные инфекции, требующие более длительного периода для размножения возбудителя в ЖКТ. Общими показаниями для лабораторной этиологической диагностики острых кишечных (диарейных) инфекций является наличие у пациента остро возникшего гастроинтестинального и общеинтоксикационного синдрома. Учет данных синдромов по наличию как минимум двух из трех признаков – диареи, рвоты и лихорадки, позволяет достичь наиболее полного охвата пострадавших лабораторными исследованиями. В соответствии с критериями ВОЗ, под диареей понимается учащенная (более двух раз в сутки) дефекация с изменением консистенции стула. Отсутствие острого начала и большая длительность диареи может свидетельствовать о неинфекционной природе поражения ЖКТ.

Определение этиологии большинства острых кишечных инфекций возможно только на основании лабораторных исследований. Лабораторная этиологическая диагностика острых инфекционных диарей включает большой спектр методов, в ряде случаев, требующих сочетанного использования:

• культуральные исследования – исследования направлены на выделение и идентификацию чистой культуры патогена, оценки резистентности к антибактериальным препаратам). Аналитичеcкие характеристики культуральных исследований наиболее трудно поддаются валидации;
• для выявления антигена большого перечня патогенов вирусной и бактериальной природы разработаны тесты на основе иммуноферментного анализа (ИФА), а также экспресс-тесты, основанные на применении иммунохроматографического анализа (ИХА) и латекс-агглютинации, они обеспечивают высокую оперативность проведения исследований. Вместе с тем, необходимо отметить, что данные диагностикумы, как правило, уступают по аналитическим характеристикам (аналитической чувствительности) культуральным методам и методам амплификации нуклеиновых кислот (МАНК);
• обнаружение РНК/ДНК возбудителей диарейных заболеваний методом ПЦР является наиболее унифицированным методом выявления вирусных и бактериальных патогенов, что позволяет использовать исследование в качестве скринингового теста для этиологической верификации диарейных инфекций. К достоинствам данной технологии также можно отнести высокую чувствительность.

• Гастроэнтериты, энтероколиты.
• Диарея у детей.
• Обследование контактных лиц.

Специальной подготовки не требуется.

Кал. Кал собирается в пластиковый контейнер. До сбора кала пациент должен предварительно помочиться в унитаз. Далее путём естественной дефекации в унитаз или подкладное судно собирают испражнения. Затем кал забирается ложечкой в стерильный контейнер в количестве не более 1/3 объёма. Контейнер плотно закрыть.

На этикетке контейнера указать Ф.И.О. пациента (или номер) и вид исследования. В направлении на исследование обязательно указать Ф.И.О. пациента, пол, дату рождения, номер пробирки (контейнера), вид материала и необходимые исследования. Материал должен быть доставлен в лабораторию в день взятия. До передачи курьеру, материал может храниться в холодильнике при температуре + 2 - +8ºС.

Кал

ПЦР Real time

Единицы измерения: тест качественный

ДНК/РНК (наименование возбудителя):

• обнаружена: инфицирование данным возбудителем.
• не обнаружена: нет инфицирования данным возбудителем.

При обнаружении ДНК Shigella spp., Salmonella spp., E. coli (EIEC), Campilobacter spp. рекомендовано микробиологическое исследование кала.

Выявление специфических антител к антигенам возбудителей, проводимое в том числе в динамике заболевания, чаще всего применяется в клинической практике после нерезультативного применения прямых методов индикации патогена и часто носит характер ретроспективной диагностики. 

G232 Диареегенные E. coli, обнаружение и типирование ДНК; G233 Salmonella spp., обнаружение ДНК; G234 Обнаружение РНК ротавируса группы А (Rotavirus), норовирусов G1и G2 типов (Norovirus G1и G2), астровирусов (Astrovirus), энтеровирусов (Enterovirus)

1. Подколзин А.Т., Кафтырева Л.А. Инфекции желудочно-кишечного тракта. // Лабораторная диагностика инфекционных болезней. Под ред. Акимкина В.Г., Твороговой М.Г. - Москва. ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, 2020: 166-168.
2. Goodgame R.W. Viral infections of the gastrointestinal tract. /Curr Gastroenterol Rep. 1999 Aug; 1(4):292-300.
3. Lauwers G., Langer C. Inflammatory and infectious pathology of the gastrointestinal tract: an introduction. /Virchows Arch. 2018 Jan;472(1):1-2.
4. Sinha R., Rajesh A., Rawat S., et al. Infections and infestations of the gastrointestinal tract. Part 1: bacterial, viral and fungal infections. /Clin Radiol. 2012 May; 67(5):484-494.