Обнаружение РНК ротовируса группы А (Rotovirus), норовирусов G1и G2 типов (Norovirus G1и G2), астровирусов (Astrovirus), энтеровирусов (Enterovirus)

Мультиплексное исследование, позволяющее одновременно обнаружить и типировать РНК астровирусов (Astrovirus), ротавирусов группы A (Rotavirus A), норовирусов G1 (Norovirus G1), норовирусов G2 (Norovirus G2), энтеровирусов (Enterovirus) в кале пациента методом ПЦР. Обнаружение РНК того или иного возбудителя свидетельствует о инфицировании данным возбудителем. Формат исследования — качественный.

Острые кишечные инфекции вирусной этиологии не обладают клиническими особенностями, по- зволяющими дифференцировать их от других кишечных инфекций. Чаще всего возбудителями острых кишечных инфекций являются астровирусы, ротовирусы, норовирусы и энтеровирусы

Астровирусы (Astrovirus). Заболеваемость астровирусной инфекцией в разных регионах земного шара варьирует в широких пределах (4-17%). В нашей стране на основании проведенных пилотных исследований можно утверждать, что астровирусы уступают по распространенности ротавирусам и норовирусам, составляя около 4% случаев госпитализации с острой кишечной инфекцией. Наибольшую распространенность астровирусная инфекция имеет у детей первых лет жизни, в группу риска входят также пожилые люди. Средняя продолжительность инкубационного периода составляет 4-5 дней. Клинические проявления астровирусной кишечной инфекции сохраняются на протяжении 2-3 дней.

Ротавирусы (Rotavirus). В странах, где не применяются ротавирусные вакцины, ротавирусы являются наиболее широко распространенной причиной диарейных заболеваний у детей в возрасте до 5 лет. Ротавирусная инфекция является наиболее тяжело протекающим вирусным гастроэнтеритом у детей первых лет жизни. Ротавирусы являются единственным из 15 родов семейства Reoviridae, имеющим реальное эпидемиологическое значение. Заболевания у человека вызывают три из девяти видов (групп) ротавирусов – А, В и С. Наиболее тяжелым течением характеризуется первый эпизод инфицирования, при повторных встречах с возбудителем выраженность клинической манифестации снижается, и увеличивается число субманифестных форм заболеваний.

Норовирусы (Norovirus). Представители рода Norovirus семейства калицивирусов Caliciviridae способны вызывать заболевания у человека. Родов подразделяется на геногруппы, генотипы, генетические варианты. Наибольшее распространение имеют норовирусы 2 геногруппы (Norovirus G2I). Норовирусы являются наиболее распространенным этиологическим агентом, вызывающим инфекционные диареи. По данным эпидемиологических исследований, наиболее часто реализуется контактно-бытовой путь передачи патогена, вторым по актуальности является пищевой, связанный с контаминацией продуктов и загрязнением посуды или упаковок пищевых продуктов. Наиболее активное выделение норовирусов наблюдается в первые 72 часа от начала заболевания. Средняя продолжительность выделения норовирусов составляет около 14 дней, у дошкольников и лиц пожилого возраста она может увеличиваться в 1,5 - 2 раза.

Энтеровирусы (Enterovirus). Род Enterovirus по современным представлениям объединяет 12 видов энтеровирусов (Enterovirus A-L) и 3 вида риновирусов (Rhinovirus A-C). Четыре вида энтеровирусов (А-D), способные вызывать заболевания у человека и приматов, объединяют более чем 110 генотипов. Энтеровирусная инфекция широко распространена во всех регионах мира. У человека энтеровирусная инфекция может протекать бессимптомно или сопровождаться широким спектром клинических проявлений: от легкого недомогания или диарейного синдрома до развития тяжелых заболеваний, таких как серозный менингит, паралич, миокардит, энтеровирусный сепсис новорожденных.

Лабораторная диагностика острых кишечных инфекций вирусной этиологии включает в себя выявление антигена методами ИФА (иммуноферментного анализа) или ИХА (иммунохроматографического анализаили и РНК вирусов методом ПЦР. Материалом для исследования являются нативные образцы фекалий (кала), собранные в первые 72 часа от начала заболевания. Диагностическая ценность исследования крови пациентов в острую фазу заболеваний существенно ниже.

В клинической лабораторной диагностике наибольшее применение находит выявление антигена вирусов в фекалиях пациентов методом ИФА, реже с применением экспресс-тестов на основе ИХА или латекс-агглютинации. Выявление антигена вирусов в кале методом ИФА целесообразно использовать в качестве скринингового исследования у госпитализированных детей в возрасте до 5 лет. Выявление антигена вирусов в кале экспресс-методами, применяемыми в формате «у постели больного», может быть рекомендовано только при отсутствии возможности проведения исследований в лабораторных условиях. Несмотря на достаточно длительные средние сроки выделения вирусов после перенесенного заболевания до 14 дней, лабораторное обследование пациентов методом ПЦР необходимо проводить в первые 72 часа от начала заболевания. Выявление РНК вирусов методом ПЦР экономически целесообразно при применении мультиплексных наборов реагентов в рамках комплексной детекции нескольких вирусных/бактериальных патогенов.

• Дифференциальная диагностика причин острого гастроэнтерита.
• Дифференциальная диагностика причин острой диареи.
• Симптомы вирусного гастроэнтерита (боли в животе, диарея, рвота, метеоризм, лихорадка).
• Эпидемиологические показания.

Специальной подготовки не требуется.

Кал. Кал собирается в пластиковый контейнер. До сбора кала пациент должен предварительно помочиться в унитаз. Далее путём естественной дефекации в унитаз или подкладное судно собирают испражнения. Затем кал забирается ложечкой в стерильный контейнер в количестве не более 1/3 объёма. Контейнер плотно закрыть. На этикетке пробирки (контейнера) указать Ф.И.О. пациента (или номер) и вид исследования. В направлении на исследование обязательно указать Ф.И.О. пациента, пол, дату рождения, номер пробирки (контейнера), вид материала и необходимые исследования. Материал должен быть доставлен в лабораторию в день взятия. До передачи курьеру, материал может храниться в холодильнике при температуре + 2 - +8ºС.

Кал

ПЦР Real time

Единицы измерения: тест качественный

Вид результата:

• РНК астровирусов (Astrovirus) — обнаружена/не обнаружена
• РНК ротавирусов группы A (Rotavirus A) — обнаружена/не обнаружена;
• РНК норовирусов G1 (Norovirus G1) — обнаружена/не обнаружена;
• РНК норовирусов G2 (Norovirus G2) — обнаружена/не обнаружена;
• РНК энтеровирусов (Enterovirus) — обнаружена/не обнаружена

G231 Микроорганизмы рода Шигелла (Shigella spp.); Сальмонелла (Salmonella spp.); энтероинвазивные E. coli (EIEC); термофильные кампилобактерии (Campilobacter spp.); аденовирусы группы F (Adenovirus F); ротавирусы группы А (Rotavirus A); норовирусы 2 генотип (Norovirus 2); астровирусы (Astrovirus); обнаружение и типирование ДНК (РНК)

1. Подколзин А.Т., и др. Острые кишечные инфекции вирусной этиологии. // Лабораторная диагностика инфекционных болезней. Под ред. Акимкина В.Г., Твороговой М.Г. - Москва. ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, 2020: 168-179.
2. Goodgame R.W. Viral infections of the gastrointestinal tract. /Curr Gastroenterol Rep. 1999 Aug; 1(4):292-300.
3. Lauwers G., Langer C. Inflammatory and infectious pathology of the gastrointestinal tract: an introduction. /Virchows Arch. 2018 Jan;472(1):1-2.
4. Sinha R., Rajesh A., Rawat S., et al. Infections and infestations of the gastrointestinal tract. Part 1: bacterial, viral and fungal infections. /Clin Radiol. 2012 May; 67(5):484-494.