БакСкрин УПМ, выявление ДНК условно-патогенных бактерий BACILLI, BETAPROTEOBACTERIA, GAMMAPROTEOBACTERIA

Мультиплексное ПЦР-исследование, для выявления ДНК условно-патогенных бактерий классов Bacilli, Betaproteobacteria и Gammaproteobacteria, вызывающих нозокомиальные и внебольничные инфекции, методом ПЦР в режиме реального времени.

            Данное исследование позволяет обнаружить ДНК следующих бактерий:

•       Класс Bacilli: Enterococcus spp., Streptococcus spp., Streptococcus agalactiae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus spp., Staphylococcus aureus;

•       Класс Betaproteobacteria: Achromobacter ruhlandii, Achromobacter xylosoxidans, Burkholderia spp.;

•       Класс Gammaproteobacteria: Acinetobacter spp., Citrobacter freundii, Citrobacter koseri, Enterobacteriales, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Haemophilus spp., Haemophilus influenzaе, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae, Morganella morganii, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, Stenotrophomonas maltophilia.

            Инфекционные заболевания остаются одной из ведущих проблем медицины, в значительной степени определяя и здоровье людей, и продолжительность жизни. Патогенность возбудителей - отличительный признак, позволяющий подразделять микроорганизмы на группы.

            К условно-патогенным микроорганизмам (УПМ) относятся возбудители, вызывающие развитие инфекционного процесса только при определенных условиях, снижении иммунитета. Часть этих бактерий представлена свободноживущими микроорганизмами. Они иногда попадают на эпителиальные поверхности или во внутреннюю среду человека и могут вызывать инфекционные заболевания (например, Pseudomonas spp., Acinetobacter spp.).

            Другая группа адаптирована к существованию в нестерильных полостях организма человека, связанных с окружающей средой (кожный покров, желудочно-кишечный тракт, верхние отделы дыхательных путей). Ее представители составляют нормальную (эндогенную) микрофлору человека, но различаются по вирулентности. Одни из них, практически никогда не вызывают заболеваний человека, другие - часто, например, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Haemophilus influenzae.

            Различные виды бактерий проявляют тропность к определенным анатомическим нишам. В связи с этим каждому биотопу организма свойственна своя относительно постоянная флора. Являясь одним из защитных механизмов организма, она также может быть и резервуаром возбудителей экзо- и эндогенных инфекций. В каждом биоценозе регистрируются как резидентные, так и транзиторные микроорганизмы, среди которых немаловажное значение имеют условно-патогенные представители. Отдельные виды УПМ участвуют в формировании нормальной микрофлоры макроорганизма и в патогенезе ряда заболеваний.

            Представители УПМ могут вызывать инфекционные процессы при самых разнообразных внешних и внутренних изменениях и условиях:

•       прием различных медикаментов (иммунодепрессанты, гормоны, антибактериальные

препараты и т.д.);

•       воздействие неблагоприятных факторов окружающей среды;

•       снижение иммунитета;

•       стационарное лечение;

•       беременность и роды;

•       преклонный и детский возраст;

•       травматические состояния (механические повреждения целостности кожи, ожоги и др.);

•       хронические заболевания (диабет, онкология и т. д.);

            Особый интерес представляют заболевания, которые вызываются условно патогенными микроорганизмами в стационарах – нозокомиальные (госпитальные) инфекции. Проблема возникновения и лечения таких инфекций в настоящее время стоит перед здравоохранением как в нашей стране, так и за рубежом. Часто нозокомиальные заболевания характеризуются тяжелым течением с увеличением сроков пребывания в стационаре. Инфекционные заболевания, например, поражения верхних и нижних дыхательных и мочевыводящих путей, кожи и мягких тканей и т.д., возникшие не в медицинском учреждении (внебольничные), также часто вызываются УПМ.

            В последние десятилетия появляются УПМ с новыми свойствами, которые приводят к повышению тяжести течения заболеваний. К ним в первую очередь относится приобретение множественной резистентности к антибактериальным препаратам и других патогенных особенностей (адгезивные свойства и способность к пленкообразованию, факторы персистенции).

            Существуют традиционные фенотипические и молекулярно-генетические методы идентификации микроорганизмов. Фенотипические методы, определяющие способность микроорганизмов использовать в качестве субстрата различные питательные среды, достаточно длительны и трудоемки для проведения. Для многих инфекций, вызываемых вирусами и бактериями, разработаны молекулярнобиологические методы диагностики, например, полимеразная цепная реакция (ПЦР). Молекулярно-генетическое исследование позволяет выявлять ДНК микроорганизмов, идентифицируя их до заданного таксономического порядка. Преимуществом данного исследования является высокая чувствительность, скорость получения результатов, стандартизованность и технологичность исследования. Важно, что не требуются манипуляции с живыми бактериальными культурами, что служит предотвращению распространения и циркуляции микроорганизмов внутри лечебно-диагностических и лабораторных учреждений.

            Решение об этиологической значимости УПМ должно определяться не видовой или родовой принадлежностью обнаруженных микроорганизмов, а на основе комплексного исследования в динамике и при сопоставлении с клиническими и эпидемиологическими данными. При помощи данного исследования выявляется ДНК 25 бактериальных представителей, часто вызывающих развитие нозокомиальных и внебольничных заболеваний. Все перечисленные микроорганизмы относятся к 3 классам: Bacilli, Betaproteobacteria и Gammaproteobacteria

• Инфекционные осложнения у пациентов, госпитализированных в стационар (отделения реанимации и интенсивной терапии, ожоговое отделение и др.)
• Инфекционные осложнения у онкологических пациентов
• Наличие инвазивных устройств (интубационной трубки, катетеров, дренажей)
• Нарушение целостности кожных покровов: раны, ожоги, пролежни
• Инфекции послеоперационных ран
• Поражения верхних и нижних дыхательных и мочевыводящих путей
• Иммунодефицитные состояния
• Лихорадка неясного генеза

Специальной подготовки не требуется.

• Мокрота – Собирается в сухой стерильный контейнер. Закрыть контейнер, на этикетке указать Ф.И.О. пациента и дату взятия материала. Обязательно указать в направлении Ф.И.О. пациента, вид материала и необходимое исследование. До передачи курьеру, материал может храниться в холодильнике при температуре + 2 - +8ºС.
• Моча– Собирается в сухой стерильный контейнер. Закрыть контейнер, на этикетке указать Ф.И.О. пациента и дату взятия материала. Обязательно указать в направлении Ф.И.О. пациента, вид материала и необходимое исследование. До передачи курьеру, материал может храниться в холодильнике при температуре + 2 - +8ºС.
• Мазки\соскобы из дыхательных путей, желудочно-кишечного и урогенитального тракта - Взятие материала осуществляют с помощью специальных медицинских изделий, имеющих регистрационные удостоверения в зависимости от источника биологического материала согласно установленной процедуре (например, Зонд-тампон для отбора, транспортировки и хранения биологических проб РУ № ФСЗ 2012/11835). После взятия биологического материала перенесите зонд в пробирку с транспортной средой, предназначенной производителем для транспортирования и хранения образцов биологического материала для ПЦР-исследований, и тщательно промойте его в жидкости в течение 10–15 с, избегая её разбрызгивания. Извлеките зонд из раствора и, вращательным движением прижимая его к внутренней стенке пробирки выше уровня раствора, отожмите избыток жидкости. Полностью удалите зонд из пробирки и утилизируйте. Плотно закройте крышку пробирки и промаркируйте пробирку. До передачи курьеру, материал может храниться в холодильнике при температуре + 2 - +8ºС.
• Кал – Собирается в сухой стерильный контейнер. Закрыть контейнер, на этикетке указать Ф.И.О. пациента и дату взятия материала. Обязательно указать в направлении Ф.И.О. пациента, вид материала и необходимое исследование. До передачи курьеру, материал может храниться в холодильнике при температуре + 2 - +8ºС.
• Аспираты – Собираются в сухой стерильный контейнер. Закрыть контейнер, на этикетке указать Ф.И.О. пациента и дату взятия материала. Обязательно указать в направлении Ф.И.О. пациента, вид материала и необходимое исследование. До передачи курьеру, материал может храниться в холодильнике при температуре + 2 - +8ºС.
• Экссудаты – Собираются в сухой стерильный контейнер. Закрыть контейнер, на этикетке указать Ф.И.О. пациента и дату взятия материала. Обязательно указать в направлении Ф.И.О. пациента, вид материала и необходимое исследование. До передачи курьеру, материал может храниться в холодильнике при температуре + 2 - +8ºС.
• Бактериальные культуры - Взятие материала с жидких и плотных сред осуществляется при помощи одноразовой микробиологической петли или шпателя. Поместите в одноразовую пластиковую пробирку объёмом 1,5-2,0 мл, в которую предварительно внесено 500 мкл стерильного физиологического раствора, одиночную колонию клеток или 100 мкл жидкой среды. После взятия материала пробирку плотно закрывают крышкой и маркируют. До передачи курьеру, материал может храниться в холодильнике при температуре + 2 - +8ºС.

Мокрота; моча; мазки/соскобы из дыхательных путей, желудочно-кишечного и урогенитального тракта; фекалии; аспираты; экссудаты и бактериальные культуры

ПЦР Real time

Единицыизмерения:Lg, %

Данное мультиплексное исследование позволяет обнаружить ДНК условно-патогенных микроорганизмов (УПМ).

G178 Haemophilusinfluenzae, обнаружение ДНК; G179 Streptococcus pneumoniae; обнаружение ДНК; G194 Синегнойная палочка (Pseudomonasaeruginosa), обнаружение ДНК; G232 Диареегенные E. coli, обнаружение и типирование ДНК.

1. Шувалова Е.П., Белозеров Е.С., Беляева Т.В., и др. /Инфекционные болезни: учебник для студентов медицинских вузов – 7-е изд., испр. и доп. /Санкт-Петербург: СпецЛит, 2015. – 1835 с.
2. Катрецкая, Г.Г. Факторы вирулентности условно-патогенной микрофлоры нижних дыхательных путей при пневмониях // Бюллетень физиологии и патологии дыхания. 2012; 43: 61-64.
3. Покателов А.А. Бактериальная колонизация и сукцессия у больных хирургических стационаров с различной экологической нагрузкой в условиях крупного промышленного города. / Автореф. дис. к-та мед. наук. Волгоград. 2009; – 142 с.
4. БакСкрин УПМ Инструкция по применению 537-1 от 22 апреля 2024 года. /ДНК-Технология. 2024: 32 с.
5. Costerton W. The application of biofilm science to the study and control of chronic bacterial infections. /J. Clin. Invest. 2003; 112 (10): 1466-1477.
6. Costerton J.W., Montanaro L., Arciola C.R. Biofilm in implant infections: its production and regulation. /Int. J. Artif. Organs. 2005; 28 (11): 1062-1068.
7. Hemming H. Biofilms: an emergent form ofbacterial life. /Nat. Rev. Microbiol. 2016;14:563-575.
8. Gutierrez E, Masia M., Rodriguez J.C. Community-acquired pneumonia of mixed etiology: prevalence, clinical characteristics, and outcome. Eur. J. Clin. Microbiol. /Infect. Dis. 2005; 24: 377-383.
9. Rader H.L., Sorensen S.J., Burmolle M. Studying bacterial multispecies biofilms: where to start? Trends in Microbiology. 2016, 24 (6): 503-513.
10. Senneville E., Yazdanpanah Y., Cazaubiel M. Rifampicin-ofloxacin oral regimen for the treatment of mild and moderate diabetic foot osteomyelitis. /J. Antimicrob. Chemother. 2001; 48: 927-930.